Como hemos revisado en artículos anteriores de DICOM, Imágenes DICOM, diferencia entre las imágenes DICOM y Nifti, Bibliotecas Python y Software de imágenes médicas DICOM, es un sistema muy común para las imágenes médicas.
El objetivo de DICOM es proporcionar una interfaz única para todo tipo de datos médicos. Esto incluye rayos X, resonancia magnética, imágenes de ultrasonido y todo tipo de conjuntos de datos híbridos.
Si bien podría decirse que esto fue beneficioso para la interoperabilidad entre los fabricantes, también trae algunos problemas. Estos surgen principalmente de la falta de estandarización. Como los fabricantes persistieron en sus convenciones internas, todos se integraron en el "estándar" DICOM .
Por ejemplo, los cortes de una tomografía se pueden almacenar en archivos individuales por corte o en un solo archivo para todos los cortes .
Si bien esto podría tratarse en el código, los problemas pueden surgir a un nivel mucho más complejo debido a las coordenadas con la que se guarda el DICOM.
Los tres sistemas de coordenadas
Al adquirir una imagen, el paciente se coloca tumbado en relación con el escáner. Si bien esto está más o menos claramente definido para los escáneres fijos, se vuelve más complicado para los sistemas en el que los escáneres tienen brazo y el paciente no está tumbado, ya que el escáner se puede colocar arbitrariamente alrededor del paciente, lo que cambia completamente la orientación del paciente en las imágenes adquiridas.
Para preservar la orientación del paciente para las aplicaciones de diagnóstico, se le pide al médico que proporcione una localización antes del escaneo. Esta información se almacena en los metadatos DICOM.
Para definir sin ambigüedades la orientación y la posición del paciente con respecto al escáner, tenemos que definir tres sistemas de coordenadas.
Los tres sistemas son todos cartesianos y difieren solo en el espaciado, la rotación y el punto de referencia. Además, el sistema xyz y lps son continuos con unidades mm, mientras que el sistema ijk es discreto y sin unidades.
Sistema genérico xyz: se define en relación con el escáner. Diferentes proveedores tienen diferentes definiciones del eje de rotación (aquí z ). En los sistemas CT, el origen (0,0,0) a menudo se coloca en el centro de rotación.
Sistema anatómico lps: se define con términos de medicina. Dos convenciones habituales son el LPS o el sistema RAS . Aquí LPS significa (Izquierda, Posterior, Superior) e indica la dirección del vector a lo largo del eje definido. El origen se puede elegir arbitrariamente (o depende de la anatomía representada) y, a menudo, sólo se define en el centro de rotación del escaneo.
Sistema de imágenes ijk: indexa la matriz de datos sin procesar producida por el escáner. Por definición, el origen (0,0,0) está en la esquina superior izquierda cercana; así el índice i corre de izquierda a derecha, el índice j de arriba abajo y el índice k de cerca a lejos.
Si el paciente se acuesta boca arriba en el sistema MRI o CT como se muestra en la imagen de arriba, el sistema xyz y el sistema lps del paciente coincidirá. Este es el sistema estándar asumido en DICOM.
Conclusión
Con estos términos aclarados, ya puedes hacerte una idea de la complejidad y que las coordenadas son clave para tener en cuenta a la hora de gestionar los DICOM. Si deseas unificar datos deberás reconstruir el sistema anatómico a partir de un volumen dado en el estándar DICOM.
